Staatliche Schulämter in Bayern werden gemäß dem Bayerischen Gesetz für das Erziehungs- und Unterrichtswesen (BayEUG) gemeinsam von einem Schulaufsichtsbeamten (Fachlicher Leiter) und vom Landrat oder dem Oberbürgermeister (Rechtlicher Leiter) geführt.
Das Staatliche Schulamt in der Stadt Passau wird von Herrn Schulamtsdirektor Klaus Sterner (Fachlicher Leiter – Angelegenheiten überwiegend fachlicher Natur) und von Herrn Oberbürgermeister Jürgen Dupper (Rechtlicher Leiter – Angelegenheiten überwiegend rechtlicher Natur), das Staatliche Schulamt im Landkreis Passau von Herrn Schulamtsdirektor Klaus Sterner und Herrn Landrat Raimund Kneidinger (in Angelegenheiten vorwiegend rechtlicher Natur) geleitet.
Vom Staatlichen Schulamt als Schulaufsichtsbehörde ist die Schulverwaltung Passau zu unterscheiden. Diese städtische Behörde ist für den Schulaufwand der Schulen (z.B. Gebäude der Schulanlage, Sportstätten, Lehr- und Lernmittel) zuständig.